Attrice. È figlia del regista Stephen e della sceneggiatrice e produttrice Naomi Foner, e anche suo fratello Jake è attore. La sua famiglia ha origini nobili svedesi, mentre il secondo marito della madre è il noto storico statunitense Eric Foner. Maggie nasce a New York ma cresce a Los Angeles. Ancora 15enne, debutta sul grande schermo nel film diretto dal padre 'Waterland' (1992) e l'anno successivo è di nuovo con lui sul set di 'Una donna pericolosa'. Dopo il diploma, nel 1995, torna a New York per studiare alla Columbia University, dove si laurea in Religioni e Letterature orientali. Si trasferisce poi a Londra per studiare alla Royal Academy of Dramatic Arts. Di ritorno negli Stati Uniti ottiene subito una parte nel film di John Waters 'A morte Hollywood' (2000), nel ruolo di una truccatrice fuori di testa. L'anno successivo recita accanto al fratello in 'Donnie Darko' e si fa notare due anni dopo nel film di Spike Jonze 'Il ladro di orchidee'. Sempre nel 2002 ottiene poi il suo primo ruolo da protagonista in una cinica e ironica commedia, 'Secretary' in cui interpreta una squinternata e autolesionista segretaria di un sadico avvocato. La sua interpretazione le vale una nomination per il Golden Globe, oltre che l'attenzione di critica e pubblico. È poi una delle giovani allieve della professoressa d'arte moderna Julia Roberts in 'Mona Lisa Smile' (2003) di Mike Newell. L'anno successivo recita in 'Criminal' di Gregory Jacobs. Nel 2008 diventa il nuovo volto femminile della saga di Batman ne 'Il cavaliere oscuro'. È attualmente fidanzata con l'attore Peter Sarsgaard, dal quale ha avuto una figlia, Ramona, nata il 3 ottobre 2006.