TRAMA: Quindici anni sono trascorsi dall'epica battaglia tra Zebraman e gli alieni...Nel 2025, Zebra City è una metropoli modello dove si sperimentano riforme politiche. Uno di questi esperimenti è "L'Ora della Zebra". Ogni giorno alle 5:00 e alle 17:00, per cinque minuti, la legge permette ogni sorta di atto criminale! I potenziali criminali vengono annientati, e insieme a loro, anche i malati e gli anziani... Dall'entrata in vigore dell'Ora della Zebra il tasso di criminalità inizia a diminuire, rendendo Zebra City la metropoli più sicura al mondo – e finalmente il nero e il bianco sono chiaramente distinti! Sulle strade di Tokyo, completamente trasformate, Shinichi si risveglia all'improvviso: ha perso la memoria. Sono esattamente le 5:00 – comincia l'Ora della Zebra! Ed ecco che un poliziotto della Zebra-Polizia apre il fuoco contro di lui. Intanto la Regina Zebra, una super top-model che in realtà si chiama Yui ed è la figlia del governatore, funge da testimonial di Zebra City, spadroneggiando in città e portando avanti con crescente successo i suoi piani per la conquista del mondo. Nell'area destinata agli sfollati, intanto, Shinichi incontra Asano-san, un dottore, e Sumire, una misteriosa giovane. Quando Shinichi la sfiora, su una parte del suo corpo spuntano strisce da zebra! E nel medesimo istante recupera la memoria! Con sincronia quasi perfetta, Yui è presa da violente convulsioni, mentre strisce da zebra appaiono sul suo corpo! È l’inizio di una battaglia in bianco e nero tra il Bene e il Male, e la posta in gioco è il destino dell'umanità!
